Законът и Уставът на БЗС учредяват и конституират следните органи на Съюза:

Ръководни органи: Конгресът се състои от представители на районните им колегии, които се избират от техните общи събрания на районните колегии при норма на представителство един делегат на 25 члена на БЗС.

Управителен съвет: Съгласно закона, той се ръководи от председател, главен секретар и зам. председатели. Уставът на БЗС регламентира териториално представителство в Управителния съвет (УС) чрез включването в него на представители от всички 28 районни колегии на БЗС. Уставът въвежда ресорен принцип в централното ръководство на УС, като създава 7 постоянни работни комисии:

• Комисия по дентална практика и професионална защита (КДППЗ).
• Комисия за изработване и подписване на Националния рамков договор по задължителното здравно осигуряване ( КРД).
• Комисия по нормативните актове (КНА).
• Комисия по регистрацията и членството (КРЧ).
• Комисия по квалификация и акредитация (ККА).
• Комисия по информацията (КИ).
• Комисия по денталните и потребителските продукти (КДПП).

Председателите на тези комисии се избират от Конгреса и са зам.-председатели на БЗС. Уставът предвижда възможността за създаване при необходимост на временни работни комисии. Такава комисия, създадена с решение на Конгреса на БЗС, е Експертната комисия по проблемите на денталната помощ и договарянето с НЗОК. С решения на УС се създават и други временни комисии по конкретни проблеми.

Контролни органи: Комисията по професионална етика контролира морално-етичните и деонтологичните аспекти на упражняването на денталната професия.
Контролната комисия следи за законосъобразността и уставосъобразността на решенията на Управителния съвет и тяхното изпълнение.

БЗС включва 28 районни колегии, които са самостоятелни юридически лица със собствени устави. Тяхното ръководство възпроизвежда на регионално ниво същите ръководни органи (Общо събрание, Управителен съвет) и контролни органи (Комисия по професионална етика, Контролна комисия).